Leonardo da Vinci et la nouvelle biologie
par Sayer Ji
16 novembre 2018
du site GreenMedInfo
La science biologique est sous le charme de la vision atomistique de Newton de l'univers depuis la fin du 17ème siècle.
Pourtant, de nouvelles découvertes révolutionnaires en biologie moléculaire révèlent une connectivité et une proportionnalité enchâssées dans notre corps et dans la biosphère dans son ensemble, rappelant les idées autrefois retenues par des visionnaires comme Leonardo da Vinci . Atomisme biologique est un mouvement intellectuel réductionniste qui peut être suivi à la popularisation de Sir Isaac Newton de théories corpusculaire de la lumière et de la matière à la fin du 17 e et 18 e siècle.
Selon l'opinion, pour comprendre la vie, il faut se concentrer sur ce que l'on pense être les unités vitales indivisibles et élémentaires de la cellule, en adoptant une approche épistémologique de décomposition et / ou de haut en bas pour comprendre des processus plus complexes.
L'une des grandes ironies de cette approche réductionniste est qu'elle a nécessité la scission violente de l'objet de l'étude en sous-unités visibles de plus en plus petites (par exemple le vivisectionnisme), ce qui a pour effet de tuer (et de fausser considérablement l'image) ce qu'elle voulait comprendre. , tout comme un jeune enfant peut retirer les ailes d'un papillon afin de satisfaire sa curiosité.
Après 400 ans d'adoption généralisée de cette approche, les efforts menés depuis un demi-siècle se sont concentrés autour du noyau de la cellule et de son matériel génétique, car le Saint-Graal de la biologie et de la médecine est un sous-produit de ce mouvement. .
On pourrait considérer que cet effort s'est échoué en 2003 avec l'achèvement du projet sur le génome humain , qui n'a pas permis de produire suffisamment de complexité et d'informations sur les quelque 23 000 gènes codant pour les protéines découverts pour expliquer de manière adéquate les relations et les comportements extrêmement complexes des 100 000 + protéines dans le corps humain.
Par exemple, un ver de terre a plus de gènes codant pour une protéine qu'un humain.
En outre, si vous considérez que chaque cellule humaine subit environ 100 000 opérations biochimiques à chaque seconde , les informations contenues dans les séquences du génome humain codant pour les protéines sont nettement insuffisantes pour expliquer les extraordinaires exploits des phénomènes biologiques
du paradoxe du repliement des protéines (qui oblige les protéines à se conformer à une conformation native spécifique à partir de degrés de liberté presque infinis)
aux écarts bioénergétiques existant entre l' ATP
aux énergies extraordinaires requises pour le fonctionnement de la cellule, qui peuvent être 7 000 fois plus élevées que celles prises en compte par l'ATP seul
En un mot, il n'ya absolument aucun moyen que les 23 000 gènes codant pour les protéines contiennent l'information nécessaire pour expliquer le fonctionnement des protéines dans les cellules.
La nouvelle biologie émergente
Aujourd'hui, une nouvelle vision de la cellule et de l'organisme dans son ensemble est en train de naître. Elle définit les systèmes biologiques en termes de relations en réseau , de capacité d'accès ouvert à la communication et à la réception d'informations génétiques et de la vie dans une super sans soudure ou méga-organisme, qui rappelle Lovelock et Margulis de l'hypothèse Gaia .
Vous avez également le travail de Rupert Sheldrake , PhD, qui a proposé l'existence de champs morphogénétiques , qui informent et coordonnent le comportement des structures biologiques, mais ne sont pas réductibles à ces structures elles-mêmes et qui ont des effets non locaux similaires à ceux observe en physique quantique ( The Science Delusion ).
Et le travail de Jack Kruse , MD, qui explique comment la bioénergétique cellulaire de la cellule tire parti d'un éclair littéral d'énergie contenu dans la force du champ magnétique de la mitochondrie dans notre corps, et qui permet d'impressionnants exploits énergétiques et matériels. manifestation, prouvant que les cellules ont à leur disposition des capacités que la physique et la biologie classiques jugent impossibles en raison de leur déférence pour la Deuxième loi de la thermodynamique, que les structures biologiques violent 24/7 ... Une partie de cette transition intellectuelle de l'atomisme biologique article publié dans Trends in Microbiology intitulé "
Comment notre autre génome contrôle notre épi-génome ", qui met l'accent sur la manière dont notre microbiome et les molécules d'information contenues dans les aliments, connues sous le nom de microARN, influent sur l'expression de notre génome.
Ce phénomène est également connu sous le nom de communication inter-règne , car il implique des discussions croisées et un partage d'informations entre bactéries et archées (procaryotes) et entre plantes et animaux (eucaryotes) tels que nous-mêmes - ce que la génétique classique et la théorie de l'évolution ne faisaient pas. croire était possible jusqu'à récemment. En d'autres termes, la vision traditionnelle des branches sur l'arbre de la vie est censée séparer les différentes espèces au sein des règnes de la vie.
Si les plantes communiquent avec les animaux, les champignons avec les bactéries, etc., ces compartiments fermés hermétiquement se dissolvent, ressemblant peut-être davantage à une spirale ouverte comme illustré à gauche ci-dessous.
Les implications de ce changement de paradigme sont véritablement révolutionnaires et reflètent un holisme radical dans la vie, qui n'était jusqu'à présent discuté qu'en marge de la science.
Dans cet esprit, le document Trends in Microbiology explore la manière dont les eucaryotes et les procaryotes produisent des nanovésicules extracellulaires contenant des micro - ARN et d'autres molécules qu'ils exploitent pour la communication entre règnes .
Par exemple, les bactéries de notre intestin produisent des nanovésicules (environ la taille d'un virus), appelées vésicules de la membrane externe ( OMV ), qui communiquent avec les cellules de notre corps de manière très corrélée et coordonnée.
Par exemple, l'expression des gènes de nos cellules intestinales est généralement coordonnée à notre composition de microbiote intestinal. La relation est bilatérale, dans la mesure où il existe un dialogue entre les cellules intestinales sécrétant des miARN et les bactéries qui en sont affectées, et inversement.
Des concepts émergents tels que l'axe intestin-cerveau parlent de cette interconnectivité médiée par les OMV bactériens et les exosomes humains , tous deux porteurs et porteurs de microRNas. Peut-être encore plus excitant est mentionné dans l'article de la relation que la nourriture joue dans ce réseau de communication :
"Un nouveau concept de communication inter-règne dans le domaine des miARN en circulation est en train de naître. Il est représenté par la régulation des ARNm humains par des miARN exogènes (ou xénomies) qui sont très probablement absorbés lors de l'ingestion d'aliments.
Les miARN exogènes d'origine végétale sont très stables et biodisponibles même après une longue cuisson.
Par conséquent, étant donné que les micro-ARV circulants sont généralement contenus dans des microvésicules, pourquoi ne pas supposer que les plantes et les légumes peuvent également contribuer, avec leurs "vésicules", à la communication inter-règne? "
En d'autres termes, non seulement le microbiome affecte profondément notre génome, via les micro-ARN et les échanges réciproques, mais la nourriture elle-même constitue un élément essentiel de cette structure, nous reliant dans notre définition d'espèce à l'ensemble de la biosphère via toutes les plantes, animaux, champignons que nous utilisons comme nourriture.
Comme discuté précédemment, la nourriture contient des miARN qui sont conditionnés dans des microvésicules appelées exosomes et qui survivent à la digestion et à la cuisson, entrent dans la circulation systémique en nous et affectent l'expression des gènes.
Les implications de cette situation sont révolutionnaires dans la mesure où nous pouvons commencer à comprendre que l'alimentation n'est pas seulement un médicament, mais aussi l'élément essentiel de notre santé qui assure la stabilité génétique et épigénomique de notre espèce.
C'est une des raisons pour lesquelles l'absence de certains aliments dans notre alimentation a au moins autant à voir avec le déficit d'information que le manque de minéraux et de nutriments, et pourquoi nous nous sommes concentrés sur la sensibilisation du fait que les aliments sont une source de régulation des gènes. l'information avant toute chose.
Cela signifie également que les aliments génétiquement modifiés ( OGM) peuvent modifier (et perturber) considérablement l'expression de nos gènes d'une manière que les évaluations des risques n'explorent pas à l'heure actuelle. Les auteurs de cet article provocateur résument leurs conclusions comme suit:
"En conclusion, nous sommes enclins à imaginer l'homme de Vitruve de Léonard de Vinci (figure 4 ci-dessous) comme le nouvel" holobionte "connecté aux royaumes à multiples facettes qui interagissent avec lui dans un cycle de feed-forward / feed-back destiné à de maintenir une «homéostasie» universelle et, finalement, de contribuer à maintenir le réseau complexe de la vie. "
Un métaorganisme - l'Holobionte
Quel est ce " nouvel holobionte " dont ils parlent?
Considérons le concept holobionte traditionnel qui a introduit l'idée radicale que les humains sont des "unités écologiques" et sont mieux définis comme comprenant toutes les espèces qui l'habitent, y compris les virus, les bactéries, les archées, les champignons et même d'autres animaux comme les helminthes. dans le cadre de son microbiome .
Mais ce point de vue n'incluait pas les contributions végétales ou animales des microARN, représentés par notre nourriture.
Les auteurs fournissent donc maintenant ce nouvel holobionte sous la forme de l' homme de Vitruve de Da Vinci qui prend en compte l'interconnectivité évoquée ci-dessus en décrivant 4 parties inséparables de notre espèce:
cellules humaines
microbiote humain et autres bactéries
Champignons et virus
Aliments
Comme vous pouvez le constater, en raison de l'interconnectivité et des fonctionnalités de "réseautage social" d'ARN conditionnées en microvésicules appelées exosomes, les quatre parties de cette nouvelle définition de l'homme s'unissent en un tout indissociable.
Parce que ces ARN emballés dans des exosomes comestibles épigénétiquement actifs, la nourriture que nous mangeons,
"parle littéralement à notre ARNm et à notre ADN."
C'est un départ vraiment révolutionnaire des concepts précédents de ce qui constitue l'humain.
L'ajout de nourriture à l'holobiont humain, tout en estompant les frontières entre ce qui est vraiment soi et l'autre, nous connecte également à la biosphère d'une manière sans précédent.
Parce que la majorité du public le considère toujours comme une simple source d'énergie et un atout majeur pour ses «machines corporelles».
Dans ce nouveau modèle, non seulement il constitue une source d'information, mais il possède une capacité de régulation de l'expression des gènes qui n'est ni différente ni moins importante que les autres composants.
Étant donné qu'ils contiennent des acides nucléiques régulateurs tels que les miARN, connus pour cibler l'expression d'environ 60% du génome humain, les aliments peuvent être aussi essentiels à notre stabilité génomique et épigénomique que nos gènes eux-mêmes.
L'art en tant que science - L'homme de Vitruve
Je pense que cela vaut la peine de prendre un moment pour mieux comprendre ce concept grâce à une exploration plus approfondie de l'origine de l'homme de Vitruve de Léonard de Vinci.
L'image représente un homme inscrit dans un cercle et un carré dans deux positions superposées, les jambes et les bras écartés.
Vitruvian traduit littéralement en,
"les proportions du corps humain selon Vitruve."
Vitruve (80-70 av. J.-C. à 15 av. J.-C.) était un architecte romain qui considérait le corps humain comme la principale source de proportions de l'architecture classique.
Pour Leonardo, cette image iconique liait la forme humaine (microcosme) à l'univers dans son ensemble (macrocosme).
Encyclopædia Britannica en ligne déclare,
"Leonardo a envisagé la grande carte du corps humain qu'il avait produite à travers ses dessins anatomiques et l'homme de Vitruve comme une cosmografia del minor mondo (cosmographie du microcosme).
Il a estimé que le fonctionnement du corps humain était une analogie avec le fonctionnement de l'univers. "
Le concept selon lequel le corps, ainsi que de nombreux autres phénomènes naturels, contiennent des proportions et des géométries de l'univers est déjà établi dans la série de Fibonacci (une série de nombres dans lesquels chaque nombre (nombre de Fibonacci) est la somme des deux précédents. Nombres.
La plus simple est la série 1, 1, 2, 3, 5, 8, etc., également appelée nombre d' or .
Des doigts aux visages, des pétales de fleurs aux têtes de graine, des pommes de pin aux galaxies, le motif est le même.
L'idée, bien sûr, se rapporte au vieux concept que "comme ci-dessus, donc ci-dessous", ou à l'idée quasi-holographique que la pièce reflète les propriétés de l'ensemble.
Avant la découverte d'un transfert horizontal de gènes et de la réversibilité du flux d'informations dans les cellules de l'extérieur dans (environnement> noyau), la vision réductionniste de l'atomisme biologique excluait l'existence d'un mécanisme permettant de relier la pièce à l'ensemble.
Nous voyons maintenant que les royaumes de la vie ne sont plus scellés hermétiquement dans une compétition sans fin les uns avec les autres. Ils participent les uns avec les autres dans un type de réseau qui parle de l'unité et de l'ouverture de la vie dans son ensemble.
Les messagers de la Terre vivante
Et c'est là que l' hypothèse de Gaia entre en jeu.
Un article convaincant publié en 2015 dans Medical Hypothesis suggère, entre autres, l'existence d'un mécanisme moléculaire plausible permettant de rendre compte d'un aspect jusqu'ici inexplicable de l' hypothèse dite de Gaia , une théorie proposant que la Terre dans son ensemble et des aspects abiotiques) est auto-régulée et contrôlée par la communauté des organismes vivants.
L'étude, avec son titre impardonnable,
"Rôle possible des microARN en tant que médiateurs inter-espèces d'informations épigénétiques dans la pathogenèse de la maladie: la matière noire non codante du génome est-elle responsable de la communication épigénétique inter-individuelle ou interspécifique?",
... identifie les éléments transcriptibles au sein de la " matière noire" du génome (environ 98,5% du génome qui ne code pas pour les protéines) appelée ARN non codant.
On pense qu'un type d'ARN non-codant identifié dans l'étude connue sous le nom de microARN est capable d'agir en tant que régulateur principal de l'expression des gènes dans plusieurs règnes.
Produits par des bactéries, des champignons, des plantes et des animaux, les microARN sont capables de survivre aux processus de digestion et d'assimilation, d'entrer dans les tissus de ces organismes et d'affecter l'expression d'une gamme remarquablement large de gènes (environ un tiers de notre génome entier).
Si les microARN fonctionnent effectivement comme des régulateurs maîtres inter-règnes des divers membres de la biosphère, chaque être vivant est donc inséparablement connecté via des réseaux interpénétrants de relations génétiques et épigénétiques.
Cette perspective diverge radicalement de la théorie classique de l'évolution selon laquelle les organismes sont vus de manière externe les uns avec les autres, l'auto-préservation et la survie - et non la coopération - comme principe organisateur principal.